Suku kata dalam bahasa Ainu ialah CV(C); ia mempunyai permulaan suku kata wajib yang terdiri daripada satu konsonan dan satu vokal, dan koda suku kata pilihan yang terdiri daripada konsonan. Gugusan konsonan tidak banyak.

Vokal

Terdapat lima vokal dalam bahasa Ainu:

Konsonan

Letupan /p t ts k/ boleh disuarakan menjadi [b d dz ɡ] antara vokal dan selepas sengauan. Kedua-dua /ti/ dan /tsi/ dinyatawikan sebagai [t͡ʃi], dan /s/ menjadi [ʃ] sebelum /i/ dan pada akhir suku kata. Hentian glotis [ʔ] sering disisipkan pada permulaan perkataan, sebelum vokal berpelat, tetapi tak fonemik.

Bahasa Ainu juga mempunyai sistem pelat pic. Amnya, perkataan yang mengandungi imbuhan mempunyai pic tinggi pada suku kata dalam dasar. Hal ini biasanya akan jatuh pada suku kata pertama jika ia panjang (mempunyai konsonan akhir atau diftong), dan sebaliknya akan jatuh pada suku kata kedua, walaupun terdapat pengecualian untuk pengaman ini.